Một trong những tính năng mới trong FIFA 06 là một "retro" đặc biệt có tính năng như nhật kí của trò chơi. Trong đó bao gồm một phần tiểu sử "unlockable classic", 10 video tổng hợp ghi lại những khoảnh khắc đáng nhớ nhất theo đánh giá của nhóm phát triển FIFA, một bộ sưu tập video với cái nhìn tổng thể lại của tất cả các phiên bản trong series trò chơi FIFA và cơ hội để chơi phiên bản lần đầu tiên trong FIFA series có tựa là "FIFA 94". FIFA 06 cũng lần đầu tiên giới thiệu tính năng về lựa chọn đội "Classic XI" - gồm những huyền thoại bóng đá và đội "World XI" bao gồm những siêu sao lớn của bóng đá ở thời điểm hiện tại. Cả hai đội đều cùng lấy Cardiff Millennium Stadium như sân vận động chính. Các đội này cần phải được mở khóa trong "Fan Shop" để chơi.