Câu truyện của Dark Crusade xảy ra ở hành tinh Kronus, thế giới ở rìa phía đông của Imperium, nơi loài người đang sống chung hòa bình với đế chế Tau. Những cuộc xung đột trong Winter Assault đã đánh thức 1 chủng tộc khác. Từ lâu, một chủng tộc cổ xưa được gọi là Necrons đã đi vào giấc ngủ hàng ngàn năm, và bây giờ họ đang thức tỉnh. Necron sau ngàn năm đã trỗi dậy và bắt đầu tiêu diệt sự sống trên hành tinh. Sự kiện này dẫn đến việc quân Tau bị suy yếu lực lượng nên Imperium định sẽ kiểm soát toàn bộ hành tinh. Tau không chịu để mất thuộc địa, phát động chiến tranh với Imperium. Nhưng bên trong Kronus cũng giấu kín những bí mật của Blood Raven Chapter của Space Marine buộc 3 đại đội Blood Raven nhập cuộc nhằm bảo vệ bí mật bằng mọi giá. Đến Eldar của Craftworld Ulthwé cũng đột nhập vào Kronus nhắm đối mặt với kẻ thù xa xưa - Necron. Tình hình càng rối ren khi quân đoàn Chaos marine thuộc Word Bearers và đội quân Waaagh hùng mạnh của Ork lao vào Kronus nhằm tìm kiếm chiến lợi phẩm cho riêng mình