Trong Far Cry 5, bạn sẽ nhập vai vào một một nhân viên an ninh được cử đến hạt Hope nằm tại bang Montana hẻo lánh nước Mỹ để bắt giữ Joseph Seed – Kẻ cầm đầu tổ chức dị giáo cuồng tín có vũ trang cực kì nguy hiểm Project at Eden’s Gate. Joseph luôn tin rằng mình là người được chọn bởi đức chúa trời của hắn nhằm thanh tẩy thế giới này. Joseph cùng bè lũ cuồng tín liên tục bắt cóc dân làng, thu nhận đồ đệ và thậm chí giết chóc tàn bạo để đạt được mục đích của mình.

Tất nhiên để bạn còn chơi game việc bắt giữ chẳng thành công, lúc này bạn sẽ phải cùng một lúc đấu tranh sinh tồn và đánh bại Joseph với âm mưu của hắn. Để làm được điều này, bạn phải đụng độ (hay nói đúng hơn là bước qua xác) ba đứa con trung thành trong gia đình The Heralds của hắn là Jacob Seed, John Seed và Faith Seed (đây cũng sẽ là những tên trùm bạn phải đối đầu). Mỗi đứa con của Joseph cai quản một khu vực riêng biệt trên bản đồ của thế giới Far Cry 5. Tại những khu vực này, bạn sẽ phải tích lũy đủ lượng điểm Resistance Point (RP) cần thiết bằng cách hoàn thành các nhiệm vụ do đồng minh cung cấp, chiếm đóng các cứ điểm và phá hoại cơ sở vật chất của chúng để buộc chúng phải chú ý và cho bạn cơ hội để tiêu diệt.