Không “xào xáo” lại cái cốt truyện quen thuộc của vô số các tựa game Dragon Ball trước đó, FighterZ đã tạo ra một câu chuyện hoàn toàn mới, xoay quanh một nhân vật mới hoàn toàn. Thế giới của FighterZ đã bị một thế lực nào đó chi phối, chúng tạo ra clone của các chiến binh mạnh nhất vũ trụ và hoành hành khắp nơi. Bản gốc của các chiến binh ấy, những nhân vật đã quá quen thuộc với chúng ta, bị bỏ lại mà không hề có một chút sức mạnh. Trong vai một linh hồn vô danh, người chơi nhận ra rằng mình đang nương nhờ trong thể xác của Goku – Siêu Saiyan huyền thoại.

Với sự giúp đỡ của Bulma (vì Goku sẽ không bao giờ hiểu ra được nếu chỉ có một mình), chúng ta phát hiện ra rằng cách duy nhất để có sức mạnh chống lại thế lực hắc ám nọ, là kết nối linh hồn (của người chơi) với các siêu anh hùng hoặc siêu ác nhân của Dragon Ball. Kể từ đó, Goku và linh hồn vô danh bắt đầu lên đường. Mục tiêu của cả hai (người chơi) là giải cứu đồng đội khỏi tay lũ clone, tập hợp lực lượng, và phản công.

Mỗi arc trong cốt truyện của game được chia thành nhiều chapter, mỗi chapter lại được tạo thành từ vô số map khác nhau. Người chơi có một lượng “nước đi” giới hạn để hoàn thành map và sang map mới. Sử dụng các nhân vật mới được “giải cứu”, người chơi cần tạo ra một party để hướng tới mục tiêu cuối cùng.