Tom Clancy's Ghost Recon: Advanced Warfighter 2 tiếp nối chuỗi sự kiện diễn ra trong phiên bản đầu tiên. Cuộc bạo loạn tại Mexico vẫn chưa kết thúc mà còn có nguy cơ đặt Mỹ vào tình trạng nguy hiểm khi quân phiến loạn có vũ khí hạt nhân. Dưới sự chỉ huy của đại úy Scott Mitchell, đội đặc nhiệm tinh nhuệ Ghost nhanh chóng quay trở lại Mexico chặn đứng nguy cơ này. Bối cảnh của trò chơi trải dài từ vùng núi, thị trấn nhỏ, đô thị, và một con đập thủy điện lớn ở phía bắc của biên giới.