Trong game Tom Clancy's Ghost Recon: Advanced Warfighter, Bạn nhập vai đại úy Scott Mitchell, chỉ huy trưởng của biệt đội Ghost Recon trong quân đội Mỹ trong một nỗ lực để bảo vệ Tổng thống Hoa Kỳ và Mexico, Thu hồi công nghệ của Mỹ bị đánh cắp , và chiến đấu chống các lực lượng nổi loạn Mexico tại thành phố Mexico City.



Trò chơi diễn ra trong suốt ba ngày vào năm 2013 tại Mexico City.

Một máy bay do thám Mỹ có trang bị Guardrail IX, một thiết bị có khả năng làm gián đoạn thông tin liên lạc không dây, bị bắn rơi ở Nicaragua. Tình báo phát hiện ra một âm mưu để chuyển các thiết bị này cho quân nổi dậy ở Mexico City và lực lượng Ghosts được gửi đi để lấy lại nó.

Sứ mệnh bị hủy bỏ khi một cuộc đảo chính nổ ra ở Mexico City và Ghosts ngay lập tức được sắp xếp vào 1 việc khác: Tổng thống Mỹ, Tổng thống Mexico, và  Thủ tướng Canada đang tham dự một hội nghị thượng đỉnh tại Mexico City để ký Hiệp định an ninh chung Bắc Mỹ (NAJSA). Lực lượng cách mạng Mexico tấn công Hội nghị. Thủ tướng Canada bị giết,  Tổng thống Mỹ, Tổng thống Mexico thoát được. Ghosts được lệnh tìm và bảo vệ cả hai nhà lãnh đạo.

Trong khi đó, các phiến quân sử dụng Guardrail IX để theo dõi thông tin liên lạc của lưc lượng Mỹ, phục kích lực lượng Ghosts bảo vệ Tổng thống Mỹ, đánh bom phá hủy đại sứ quán Mỹ. Sử dụng Guardrail IX, quân nổi dậy có thể kiểm soát các tên lửa đạn đạo xuyên lục địa Hoa Kỳ, khiến cho Trung Quốc và Nga phải báo động trong tình trạng sẵn sàng. Lúc này, lực lượng Ghosts vừa phải tổ chức phong tỏa Mexico City cho đến khi lực lượng xe tăng Mỹ đến hỗ trợ vừa phải truy tìm và phá hủy Guardrail IX đang trong tay quân nổi dậy.