Metal Gear Solid V The Phantom Pain là câu chuyện xoay quanh những vấn đề thường gặp của con người như sự hiểu lầm, thành kiến, hận thù, và xung đột gây ra bởi sự khác biệt về ngôn ngữ, chủng tộc, phong tục, văn hóa và sở thích. Metal Gear Solid V The Phantom Pain không phải là một game bắn súng và bạn đừng hy vọng sẽ có một bản anh hùng ca. Game mô tả những thiệt hại cả thể chất lẫn tinh thần mà những người lính phải gánh chịu. Chấn thương thể chất như mất chân tay và vết thương tình cảm tạo ra bởi sự mất mát của đồng đội và những người thân yêu. Và chủ đề chính của game chính là những đau đớn những người lính phải gánh