Crysis 3 mang người chơi vào vai Prophet trong bối cảnh thành phố New York bị bao phủ bởi một kiến trúc mái vòm khổng lồ mang tên Liberty Dome – tác phẩm của tập đoạn thối nát Cell. Bên trong Liberty Dome, thành phố được chia thành 7 khu vực với những môi trường khắc nghiệt rất khác nhau, từ rừng cây nhiệt đới khổng lồ, những đầm lầy chết người tới những con sông dữ chảy ngay bên trong nội thành. 



Nhân vật chính trong Crysis 3 sẽ là Prophet (thực chất là Alcatraz). Những sự kiện trong game sẽ diễn ra vào năm 2047, 24 năm sau khi các sự kiện của Crysis 2, khi mà tập đoàn Cell đang tiến hành xây dựng Liberty Dome xung quanh thành phố New York. Ngụy trang dưới cái cớ bảo vệ người dân của thành phố cũng như quét sạch những gì còn sót lại của bè lũ Ceph, nhưng thực chất khu cách ly này là một nước cờ trong âm mưu thống trị thế giới của tập đoàn Cell.  Người duy nhất hiểu rõ được kế hoạch này không ai khác chính là Prophet, và anh cũng sẽ là người ngăn chặn điều đó trở thành hiện thực. Với một bộ giáp nanosuit mới cùng với cây cung rất nguy hiểm trong tay, Prophet sẽ phải vượt qua 7 khu vực với cái tên "mĩ miều" đó là Seven Wonders (7 kì quan) trong Liberty Dome để có thể đạt được mục tiêu.