Touhou 13 - Ten Desires có bốn nhân vật chơi được là Reimu, Marisa, Sanae và Youmu. Mỗi nhân vật có loại đạn và bom khác nhau, thu thập các khối Power giúp tăng sức mạnh của nhân vật thông qua việc tăng số vệ tinh bắn đạn đặc biệt của họ.
Ten Desires cho phát triển một hệ thống mới là việc thu thập các linh hồn thần thánh và thanh linh hồn (Trance). Các loại linh hồn thần thánh có 4 loại: màu xanh giúp tăng lượng điểm nhận được và tăng thanh linh hồn, màu xám tăng mạnh thanh linh hồn, màu hồng tăng số mạng và màu lục tăng số bom. Các linh hồn sẽ nhỏ dần và biến mất nếu không được thu lại kịp thời, và chúng không tự được thu thập khi người chơi đi qua ranh giới thu thập vật phẩm. Linh hồn thần thánh xuất hiện khi tiêu diệt kẻ địch, sát thương lên boss hoặc trong một số thời điểm đặc biệt.