Touhou 11 - Subterranean Animism có hai nhân vật chơi được, mỗi nhân vật có thể chọn một trong ba nhân vật đồng hành. Nhân vật đồng hành ngoài việc quyết định loại đạn đặc biệt và bom của người chơi còn cho người chơi một khả năng đặc biệt. Thu thập các khối Power giúp tăng thêm số lượng vệ tinh bắn đạn của người chơi, tối đa là 4 với hầu hết các nhân vật và 8 với Marisa nếu cô chọn Alice là nhân vật đồng hành. Số bom của người chơi phụ thuộc vào số vệ tinh, mỗi lần dùng bom 1 vệ tinh sẽ biến mất.