Subnautica: Below Zero sẽ diễn ra trên một hành tinh hoàn toàn mới có tên là Planet 4546B. Khác với hành tinh được bao phủ toàn bộ là nước trong phiên bản trước, hành tinh 4546B sẽ là một thế giới đóng băng tương tự như Trái Đất 1000 năm về trước, khi bị bao bọc bởi một lớp băng dày lên đến hàng trăm kilomet. Hành tinh này sẽ có kích thước chỉ bằng một nửa so với kích thước trong phiên bản gốc, cho nên thời lượng của Below Zero sẽ chỉ giao động từ 10 - 20 giờ chơi.

Ngoài ra, Subnautica: Below Zero sẽ lấy bối cảnh diễn ra sau các sự kiện của phiên bản gốc, cung cấp một thế giới hoàn toàn mới để game thủ có thể khám phá và trải nghiệm. Nhiều yếu tố gameplay cốt lõi từ phiên bản gốc sẽ được giữ nguyên như chế tạo đồ, thu thập nguyên liệu và xây dựng. Nhà phát triển Unknown Worlds Entertainment cũng sẽ thêm một số tính năng và cơ chế mới vào Subnautica: Below Zero để tăng tính mới mẻ cho game.