Spider-Man 3 bám rất sát các tình tiết trong phim. Sau khi đánh bại được tiến sĩ Octobus, Peter Parker đã công khai danh tính và tình yêu của mình với MJ. Nhưng câu chuyện đã không khép lại một cách lãng mạn mà lại mở đầu cho một loạt những hiểm họa khác.Thành phố Manhattan bị khuấy động bởi sự nổi lên của hai nhân vật phản diện là Sandman, nhà khoa học điều khiển được cát và New Goblin, tức người bạn thân Harry Osborn sau khi kế thừa sự nghiệp tiêu diệt Người Nhện của cha mình. Sự việc càng trở nên rối rắm hơn khi một thực thể ngoài hành tinh xâm nhập vào trái đất và gây ảnh hưởng trực tiếp lên Người Nhện. Thực thể sinh học này chiếm lấy một phần cơ thể Peter Parker và chia anh ta ra làm hai nửa, hai nhân cách. Một bên là hình ảnh Người Nhện bình thường đại diện cho chính nghĩa, trong sáng, trong khi một bên là đại diện của sự ích kỷ, thói ngạo mạn tích tụ âm thầm sau những chiến thắng oanh liệt (nếu bạn có chơi Prince of Persia: The Two Throne sẽ tìm thấy nhiều điểm tương đồng). Vấn đề ở chỗ hai nửa này đối nghịch với nhau để tranh giành quyền điều khiển tâm trí Người Nhện khiến Peter Parker phải “chịu đòn” không chỉ với những thế lực bên ngoài mà ngay cả bên trong cơ thể.