Với bối cảnh thời Chiến Quốc quen thuộc, nhân vật chính của Sekiro: Shadow Die Twice là “Độc Thủ Lang” Sekiro, một chiến binh ninja (Shinobi) cụt tay trên đường tìm về thiếu chủ của mình. Vị thiếu chủ này bị nhắm đến bởi dòng máu của cậu bé có khả năng phục vụ cho một âm mưu đen tối của những kẻ bắt cóc. Với một cánh tay thật, một cánh tay giả và một thanh kiếm “Mortal Blade,” người chiến binh của chúng ta sẽ phải băng qua nhiều lãnh địa, đánh bại nhiều kẻ thù từ những tên du thủ du thực, các samurai thiện chiến đến những con ác quỷ khổng lồ.

Cốt truyện của game do chính giám đốc phát triển Hidetaka Miyazaki viết ra, nhưng ông cho biết mình đã “phóng tay” cho các thành viên khác thực hiện những tình tiết cụ thể trong câu chuyện. Mục tiêu của điều này là làm cho game thủ được thưởng thức một câu chuyện gắn kết, nhưng với một phong cách mới lạ mà game thủ chưa từng được thấy trước đây, theo lời giám đốc quảng bá và truyền thông của From Software, ông Yasuhiro Kitao. Game thủ sẽ vẫn có thể khám phá thêm về thế giới trong game thông qua mô tả của các vật phẩm, môi trường xung quanh hay các câu chuyện được kể qua các trang sách, nhưng nội dung của trò chơi sẽ xoay quanh Độc Thủ Lang và cuộc phiêu lưu của anh chàng.