X3 Reunion được thể hiện trong bối cảnh tương lai, khi loài người đã đạt được nhiều thành tựu lớn trong lĩnh vực không gian. Chúng ta đã thiết lập được các mối quan hệ rộng lớn với cư dân của các hành tinh xa xôi. Nhưng không chỉ có hòa bình, loài người còn phải đối đầu với các hành tinh luôn sẵn sàng gây chiến với Trái Đất. Trong vai người hùng Julian Brenner, cuộc hành trình đầy gian nan của bạn bắt đầu bằng việc tuần tra qua các vùng không gian rộng lớn, tiêu diệt phi thuyền của các hành tinh thù địch. Với lối chơi mở, người chơi hoàn toàn có thể chọn cho mình một lối đi riêng song song với việc thi hành hệ thống nhiệm vụ có sẵn.