Xong cốt truyện ở phần Warriors Orochi 1, Xà Vương Yamata no Orochi đã chết. Tuy nhiên Da Ji liền tẩu thoát. Ả bằng cách nào đó đã đến được thời Heiki khởi dậy ông tổ Samurai nhà Taira là Kiyomori, đưa tà khí vào người ông và biến ông thành Nửa người nửa quỷ. Khâm phục trước sức mạnh của Orochi, ông gắng hết sức cùng với Da Ji hồi sinh cho Quỷ vương. Đầu tiên là việc đối phó sự tấn công truy đuổi của 4 thế lực Samurai và Shu, Wei, Wu Dynasty. Kiyomori triệu tập Sun Wukong để ngăn chặn quân liên minh cùng với 2 loài quái vật mới Gyuki và Dodomeki. Kiyomori phá giải phong ấn kim cô trên đầu Sun Wukong và giúp hắn thoát khỏi sự kiềm kẹp của San Zang, con khỉ quyết định ở bên cạnh Kiyomori vì cảm thấy sự tự do. Còn Da Ji tìm và bảo vệ pháp sư Himiko an toàn đến Koshi để dùng năng lực của cô bé này hồi sinh Shin Orochi.Thế nhưng, hãng Koei đã phạm sai lầm khi cho nhân vật mở khóa quá dễ: Qua một màn là xong.Điều này làm các người chơi mê vượt qua thử thách vô cùng thất vọng.