Universe at War: Earth Assault kể về một chủng tộc ngoài hành tinh xâm lược Trái đất, và con người đã được giải cứu kịp thời bởi một chủng tộc khác. Mọi chuyện trở nên phức tạp hơn khi cuộc chiến tranh giữa 2 phe đã vô tình đánh thức một chủng tộc khác đã ẩn náu hàng nghìn năm tại địa cầu và lôi kéo phe này vào cuộc chiến.



Đầu tiên là Novus, một đạo quân người máy công nghệ cao, yếu ớt nhưng có hệ thống tháp năng lượng đặc biệt giúp họ trở nên cơ động một cách bất ngờ mà bạn chưa từng thấy trong bất kỳ trò chơi nào. Khả năng di chuyển cả một đội quân lớn từ đầu màn hình tới cuối màn hình chỉ trong một cái chớp mắt đã cho phép Novus dễ dàng đột kích vào gần như là bất kì địa điểm nào trên bản đồ với rất, rất nhiều đơn vị lính đắt tiền. Trong khi đó, lính khai thác tài nguyên của Novus rất đông và nhỏ, khó tấn công trực tiếp vào nền kinh tế theo kiểu diệt lính khai thác tài nguyên, nghĩa là bạn phải tấn công căn cứ chính để ngăn cản họ tiếp tục sản xuất quân.



Còn với Hierachy thì lại khá trái ngược. Họ chậm hơn rất nhiều nhưng lại có một lợi thế đặc biệt do ít phụ thuộc vào việc xây dựng nhà cửa. Thay vào đó, lực lượng này thu thập tài nguyên bằng những cỗ máy ‘tiêu hóa’ môi trường xung quanh, đi cùng với vài con Walker (tạm gọi là các cỗ máy khổng lồ di chuyển bằng bốn chân cơ học) có thể tự nâng cấp các vị trí cố định để trở thành một loại siêu vũ khí hay một công trình sản xuất quân di động. Đưa Walker đến sát căn cứ địch và “đẻ” quân trong khi các khẩu súng của chúng bắn nát hệ thống phòng thủ là những giây phút vui thú nhất mà bạn sẽ có trong trò chơi.

Cuối cùng, đó là phe Masari. Những con người cổ đại, thần thánh, bị kéo vào cuộc giao tranh giữa Novus và Hierarchy mang theo cách chơi độc đáo của riêng họ. Các công trình khai thác tài nguyên của Masari, thực chất lại nằm ngay trung tâm của căn cứ, tạo khả năng đặc biệt cho phép chủng tộc này cố thủ đến cùng. Lính xây dựng của Masari có sự linh hoạt đáng kể : nếu muốn tăng tốc việc khai thác tài nguyên, xây quân hay nghiên cứu công nghệ thì tất cả việc bạn phải làm là kéo lính xây dựng tập trung vào công trình đó. Ngoài ra, Masari còn có thể thay đổi toàn bộ chiến thuật bằng cách chuyển đổi qua lại giữa hai chế độ Light và Dark tùy thuộc vào khi nào bạn muốn dồn lực cho tấn công hay cho phòng thủ. Chính khả năng có thể thay đổi toàn bộ tính năng cũng như sức mạnh quân đội một cách chóng mặt đã biến chúng trở thành một địch thủ rất khó đối đầu.