Touhou 6 là phiên bản đầu tiên đc phát hành chích thức cho windows. Vào một mùa hè đẹp trời ở Gensokyo, một màn sương màu đỏ bất ngờ xuất hiện bao phủ hầu hết mặt đất. Nó khiến cho ánh mặt trời không thể chiếu xuống các vùng này và làm cho nó trở lên lạnh lẽo và tối tăm. Reimu Hakurei, là một cô gái làm việc ở ngôi đền Hakurei Shrine, cùng với Marisa Kirisame, một pháp sư, 2 người sẽ lên đường đi tìm hiểu nguồn gốc của màn sương này.