Đến với The Legend of Heroes: Trails in the Sky the 3rd, bạn sẽ nhập vai Kevin Graham, linh mục trẻ tuổi xuất hiện lần đầu trong game cùng loạt The Legend of Heroes: Trails in the Sky SC và người bạn thuở ấu thơ của Kevin, nữ tu sĩ Ries. Câu chuyện của game bắt đầu khi giáo hội Septian giao cho Kevin Graham nhiệm vụ điều tra một món đồ bí ẩn, và khi anh ta chuẩn bị lên đường thì tình cờ gặp lại Ries. Họ đi cùng nhau sau đó và nhiều sự kiện diễn ra đã dẫn họ đến vương quốc Phantasma.

Một điểm hết sức thú vị dành cho người hâm mộ loạt game The Legend of Heroes: Trails in the Sky chính là trong The Legend of Heroes: Trails in the Sky the 3rd nhà sản xuất đã đưa một loạt nhân vật trong các tựa game cùng loạt xuất hiên, qua đó người hâm mộ có thể biết kết cục của các nhân vật về sau, hay biết trước và giải nghĩa một số điềm báo.