Tenchu: Shadow Assassins : Đã một năm trôi qua, sau khi bộ đôi Rikimaru và Ayame ngăn chặn thành công dã tâm của Tenrai (ở phiên bản Tenchu Wrath of Heaven) để trả lại bình yên cho lãnh địa của Lord Gohda. Lúc này, xuất hiện tin đồn có kẻ đang rắp tâm tạo phản lãnh chúa Gohda, nhiều khả năng người đó chính là một trong những thuộc hạ thân tín của ngài. Đứng ngồi không yên, lãnh chúa quyết định triệu tập Rikimaru và Ayame để tìm cách kiểm chứng độ thực hư của tin đồn. Mặt khác, ông nhờ cánh tay phải đắc lực là Sekiya mời về dinh thự một thầy bói để tiên đoán vận mệnh của mình cũng như lãnh địa đang cai quản.



Chuyện không may xảy ra khi mụ thầy bói mà Sekiya mời về lại chính là một kẻ mạo danh. Nhân lúc mọi người sơ hở, mụ đã bắt cóc công chúa Kiku, con gái của Gohda. Chứng kiến toàn bộ sự việc diễn ra, không mảy may suy nghĩ Ayame quyết định truy đuổi kẻ bắt cóc lạ mặt. Về phần Rikimaru, anh được lãnh chúa giao nhiệm vụ tiếp tục điều tra tin đồn...