Supreme Commander sẽ đưa người chơi đến với thế giới của tương lai (những năm 2680), cùng sự biến mất bí ẩn của hành tinh Seraphim II. Cũng từ thời điểm này, trái đất dần mất liên lạc với các hành tinh xung quanh. Với 3 phe gồm Liên Minh Địa Cầu Thống Nhất (United Earth Federation), giống người máy Cybran và tộc người ngoài hành tinh Aeon, các trận chiến trong Supreme Commander chắc chắn sẽ rất khốc liệt... Trò chơi xoay quanh việc chiến đấu để làm chủ một loại vũ khí khủng khiếp là Black Sun có sức mạnh hủy diệt hàng loạt hành tinh và cả ba phe đều muốn chiếm được để có thể chuyển đổi sức mạnh của nó phục vụ mục tiêu của riêng mình.