Song of the Deep sẽ đưa người chơi đến cuộc phiêu lưu của một gái trẻ có tên Merryn trên con đường đi tìm người cha yêu quý bị mất tích dưới đáy biển sâu thẳm. Trong một chuyến đi câu cá định mệnh, bố cô đã không bao giờ quay về bên cô nữa. Merryn chờ đợi mòn hỏi hằng đêm và chợt cô thấy cha mình bị mắc kẹt dưới đáy biển trong một giấc mơ kỳ lạ… Từ đó cô quyết định bắt đầu chuyên phiêu lưu kỳ thú của mình để tìm lại người cha yêu quý. Trên hành trình đó, cô gặp được những người bạn mới, khám phá các nền văn mình đổ nát cổ đại, nâng cấp những chiếc tàu lặn và khám phá đại dương sâu thẳm. Merryn cũng chạm trán cả những con quái vật biển sâu khổng lồ và hung dữ, nhưng với lòng dũng cảm và trí thông minh, trên hên là tình yêu sâu đậm dành cho cha mình, Merryn sẽ vượt lên nghịch cảnh để hoàn thành mục tiêu!