Silent Hunter 5: Battle of the Atlantic sẽ đưa người chơi vào vai thuyền trưởng của chiếc tàu ngầm U-Boat tham gia các trận đánh lớn nổi tiếng với địa điểm là các vùng biển Địa Trung Hải và Đại Tây Dương 1939-1943. Với nhiệm vụ tấn công các đoàn tiếp tế cho nước Anh, giải cứu các tàu phe mình đang bị bao vây, người chơi sẽ chỉ huy thuỷ thủ đoàn tham gia phòng thủ, tấn công và dẫn dắt thuỷ thủ đoàn qua các chiến dịch quan trọng. Với hệ thống màn chơi chiến dịch sẽ được tự động thay đổi tùy theo việc người chơi chiến thắng hay thất bại tại mỗi trận chiến bạn sẽ có cơ hội viết lại lịch sử Chiến tranh Thế giới thứ 2.