Trong Prince of Persia: The Two Thrones, Hoàng tử phải đấu tranh với những kẻ xâm lược quê hương vừa phải đấu tranh với chính phần quỷ dữ trong chính bản thân mình.

Câu truyện :
Prince of Persia: The Two Thrones tiếp nối kết thúc có hậu thứ hai của Prince of Persia: Warrior Within sau khi Hoàng Tử giết chết Dahaka. Hoàng tử và Kaileena đi thuyền vào cổng của Babylon. Khi tàu của Hoàng tử đến gần bờ biển của thành phố Hoàng tử phát hiện ra thành phố hiện đang chìm trong khói lửa chiến tranh. Tàu của Hoàng tử bị trúng pháo, Hoàng tử và Kaileena rơi xuống biển. Sau khi vào bờ Hoàng tử thấy Kaileena trôi dạt vào bờ và bị bắt làm tù binh. Hoàng tử đột nhập vào thành trong cố gắng giải cứu Kaileena, nhưng cuối cùng, tìm thấy kẻ thù cũ của mình: tên tể tướng, hắn vẫn còn sống.