Lili Child Of Geos có cốt truyện khá đơn giản, kể về nhân vật nữ chính có tên là LiLi, một người học việc trẻ ở đảo quốc Geos. Cô ấy được dạy, huấn luận cách để chiến đấu với các linh hồn lang thang được bởi một “sư phụ” bí ẩn. Trong game nhiệm vụ của người chơi là sẽ phải rượt đuổi các linh hồn và thu thập các “bông hoa” (một loại vật phẩm tương tự như một loại tiền tệ ingame) từ chúng. Việc đuổi bắt các linh hồn khiến bạn phải mất công chạy, đuổi bắt khá nhiều, bạn cần phải biết thêm một số thủ thuật nho nhỏ để bao vây hoặc đối mặt với chúng một cách hiệu quả. Người chơi sẽ được hỗ trợ bởi một tấm bản đồ nhỏ rất tiện dụng giúp bạn thấy được mình đang ở đâu và từ đó chọn lựa vị trí để phục kích đối phương. Khi bước vào trận chiến, bạn sẽ tấn công các linh hồn và khống chế chúng. Sau đó tìm cách đánh rớt ra những bông hoa từ chúng. Các linh hồn sẽ mọc ra các bụi gai để chống trả, hoặc quăng bom để giảm sự kiểm soát của bạn.