Cốt truyện của LEGO Batman mới hoàn toàn và không hề dựa trên bất cứ cuốn truyện hoặc bộ phim nào.Theo đó, thành phố Gotham vốn hoang tàn và đầy rẫy tội ác nay lại một phen khiếp vía khi một cuộc vượt ngục quy mô lớn vừa mới diễn ra tại nhà ngục Arkham, nơi giam giữ những tội phạm khét tiếng đồng thời là kẻ thù không đội trời chung của Người Dơi. Chúng tiếp tục gieo rắc cái ác khắp nơi và Người Dơi cùng cộng sự của mình là Robin lại lên đường trừ gian diệt bạo. Một điểm độc đáo là cốt truyện của game sẽ được truyền tải thông qua những đoạn phim cắt cảnh khá sinh động và vui nhộn.