Jagged Alliance: Back in Action đưa bạn đến quốc gia giả tưởng Arulco, một vùng đất bị cai trị bởi kẻ độc tài ác độc. Người chơi sẽ gia nhập phiến quân và phải giải phóng vùng đất khỏi sự thống trị của kẻ độc tài. Trò chơi cũng giới thiệu chế độ mới lập kế hoạch & đi, mà kết hợp giữa các yếu tố chiến thuật thời gian thực với theo lượt.