Harry nhận được lá thư từ Trường Phù thủy được mời vào học ở trường Hogwarts. Trường Phù thủy Hogwarts được chia thành 4 Nhà (Kí túc xá) được đặt theo tên của bốn người thành lập trường Hogwarts. Đó là Nhà Gryffindor, Nhà Hufflepuff, Nhà Ravenclaw, Nhà Slytherin. Harry, Ron và Hermione được xếp vào nhà Gryffindor – và sau đó trở thành bạn tốt của nhau. Ở trường, Harry bắt đầu được đào tạo để trở thành một Phù thủy và biết thêm về quá khứ của mình. Tuy nhiên, năm học đầu tiên của cậu không diễn ra một cách suôn sẻ. Harry và các bạn đã khám phá ra những điều bí mật nguy hiểm...Trong một lần "lang thang" trong trường Harry, Ron và Hermione, vô tình lọt vào hành lang bị cấm ở tầng 3 và phát hiện trong đó có một con chó khổng lồ ba đầu.. Họ nhận ra con chó đang đứng trên một cửa hầm để bảo vệ Hòn đá ma thuật, một vật cho phép người sử dụng bất tử. Một lần, Harry nghe lỏm được cuộc đối thoại mờ ám giữa thầy Snape và thầy Quirrell về Hòn đá Phù thuỷ. Điều này khiến cậu, và cả hai người bạn, tin chắc thầy Snape là người muốn đánh cắp Hòn đá. Harry và nhóm bạn quyết định đến lấy Hòn đá trước khi có kẻ định chiếm đoạt. Đến chỗ con chó khổng lồ ba đầu Fluffy, chúng ru ngủ con chó bằng một điệu nhạc và nhảy xuống hầm dưới chân con chó. Để vượt qua một số cạm bẫy, Hermione và Ron phải ở lại và một mình Harry đi qua căn phòng tiếp theo. Người Harry đối mặt cuối cùng không phải thầy Snape hay Voldemort mà là thầy Quirrell. Thầy Quirrell tiết lộ rằng Voldemort đang sống cùng ông. Harry có được viên đá và Voldemort cố gắng để cướp được nó từ Harry. Nhưng việc chạm vào Harry đốt cháy da của Quirrell. Sau một trận chiến, Harry ngất đi và tỉnh dậy trong bệnh xá của nhà trường với giáo sư hiệu trưởng Dumbledore bên cạnh. Giáo sư nói rằng Quirrell đã chết và không lấy được Hòn đá, Voldemort đã thoát và trốn mất và Hòn đá Phù thủy đã bị tiêu hủy. Trong buổi lễ tổng kết, Nhà Gryffindor đã leo lên hạng nhất và giành Cúp nhờ chiến công hiển hách của Harry, Ron, Hermione.