Game thủ sẽ được tiếp cận Gunpoint rất nhanh chóng, chẳng hề phải qua một đoạn cắt cảnh hay menu nào cả. Chuyện bắt đầu vào một đêm mưa gió, người đàn ông đột nhiên vọt ra ngoài cửa sổ tầng ba và rơi thẳng xuống hành lang tòa nhà đối diện. Anh chàng "xấu số" ấy là Richard Conway, điệp viên hành nghề tự do. Ngay sau đó anh nhận được cú điện từ Selena Delgado, nhân viên công ty sản xuất súng Rooke nơi anh vừa "hạ cánh" nhằm hỏi xem chuyện gì vừa diễn ra đồng thời đề nghị một hợp đồng với anh. Thế nhưng trớ trêu thay, trước khi Conway kịp đến thì Selena đã bị một gã bí ẩn bắn gục ngay trong văn phòng mình. Hung thủ biến đi ngay lập tức, để lại một Conway đã bị ghi hình vào camera. Tiếp đó Melanie – CEO của Rooke đã gọi đến Conway, tin rằng anh vô tội và vạch ra một kế hoạch phức tạp mà chỉ anh mới có thể làm được để chứng minh mình trong sạch, những gì Melanie cần là lôi tên sát nhân ra từ trong bóng tối…