Alma, bóng ma bí ẩn với mái tóc dài thườn thượt rũ rượi trong bóng đêm và bộ váy đỏ tơi tả đã trở lại cùng F.3.A.R.(F.E.A.R. 3)Cốt truyện game xoay quanh Alma, một thực thể kỳ bí và ma quái ẩn dưới hình hài của một cô bé với mái tóc rũ rượi và bộ váy đỏ tơi tả. Người chơi là kẻ dẫn đường mới của F.E.A.R. - một lực lượng đặc nhiệm bí mật của chính phủ Hoa Kỳ với nhiệm vụ bảo vệ nền an ninh quốc gia trước các thế lực tâm linh. Họ sẽ lên đường thực thi nhiệm vụ mới là cộng tác với Delta Force chống lại Paxton Fettel, một người đàn ông bí ẩn bị ám ảnh bởi bóng ma của Alma nhưng lại nắm trong tay một lực lượng quân đội hùng hậu gồm toàn những siêu chiến binh được nhân bản vô tính. Dần dần trong quá trình chơi, người chơi sẽ khám phá ra một dự án bí ẩn với cái tên Project Origin, một kế hoạch kinh khủng trong quá khứ và là mối dây liên kết giữa Paxton Fettel, Alma và chính nhân vật chính của game.