Deus Ex: Invisible War - cuộc chiến vô hình - xảy ra năm 2072, 20 năm sau các sự kiện của Deus Ex và cuộc Đại suy thoái kinh tế thế giới. Bạn sẽ nhập vai Alex D, một điệp viên được tăng cường sức mạnh bằng công nghệ nano và được đào tạo tại học viện Tasus. Ngay khi vào game, bạn sẽ bắt gặp sự thú vị đầu tiên: bạn có thể tự quyết định giới tính cho nhân vật của mình.

Khi một tên khủng bố tự sát dùng chất nổ cực mạnh tàn phá thành phố Windy và xóa sổ học đường của AlexD, anh ta/ cô ta và các bạn học thoát hiểm trong gang tấc và trốn được tới một cơ sở của Tasus tại Seatle nhưng sự an toàn của họ không kéo dài. Họ trở thành đối tượng để các phe phái đối lập nhau như nước với lửa lôi kéo, mỗi nhóm có một quan điểm riêng về cách thức xây dựng lại thế giới thời kỳ hậu suy thoái. Trong vai Alex D, bạn có thể gia nhập bất cứ tổ chức nào và sử dụng những khả năng phi thường của mình để tạo nên sự khác biệt trong cuộc chiến công nghệ cao, tàn khốc và vô hình này.