Câu chuyện của Danganronpa V3: Killing Harmony sẽ là sự tiếp nối của hai tựa game Danganronpa: Trigger Happy Havoc và Danganronpa 2: Goodbye Despair khi một lần nữa, người chơi lại phải đối mặt với trò chơi tử thần quái đản do con gấu quái dị Monokuma bày ra. Các nhân vật với đủ ngoại hình, tính cách, tài năng bị giam cầm trong một thể giới cách biệt và chỉ có người sống sót cuối cùng mới có thể thoát ra. Không chỉ phải tiêu diệt những đối thủ của mình, mỗi nhân vật còn phải tìm cách thoát tội trong những “phiên tòa” được lập để tìm ra thủ phạm mỗi khi có một nhân vật bị hạ.