Cốt truyện của Azure Striker Gunvolt diễn ra trong tương lai không xa khi một loại siêu năng lực mới với tên gọi "Seventh" được phát hiện. Phần lớn người bình thường đều cho rằng những kẻ mang siêu năng lực "Seventh" sẽ chỉ mang lại sự hỗn loạn cho thế giới này. 



Sumeragi Group, một tập đoàn hùng mạnh đã đứng ra thiết lập lại trật tự với chương trình "Bảo vệ người siêu năng" mà thực chất là bắt giam những người có siêu năng lực và ngấm ngầm thực hiện những thí nghiệm vô nhân tính với mục đích mờ ám.



Trước hành động của Sumeragi Group, những người siêu năng đã tập hợp lại và hình thành nên "Feather", một tổ chức với sức mạnh quân sự đáng kể nhằm mục đích bảo vệ quyền con người của người siêu năng. Nhân vật chính "Gunvolt" là một thành viên của tổ chức này.



Câu chuyện của người chơi bắt đầu khi Gunvolt cự tuyệt 1 nhiệm vụ được Feather giao cho là tiêu diệt một “Cyber Diva” của Sumeragi Group.