Trong Afterfall Reconquest bạn sẽ bước vào giai đoạn khởi đầu của một cuộc chiến. Đây là một trong những thời khắc đen tối trong lịch sử loài người khi mà vũ khí hạt nhân không còn mang nghĩa là sự hủy diệt nữa mà là một sự khải hoàn. Một thứ vũ khí mới đã được sử dụng. Không một ai biết gì về Entropy cho đến tận ngày tận thế, chỉ còn một số ít người còn sống sót và kể lại câu chuyện về nó.